Pada tingkat tertinggi, PPM/Majelis memiliki peran dalam memberikan arahan dan pembinaan terhadap penyelenggaraan Universitas Muhammadiyah Bima. Dalam pelaksanaan tata kelola universitas, Rektor menjadi pimpinan universitas yang didukung oleh Wakil Rektor I, Wakil Rektor II, Wakil Rektor III, dan Wakil Rektor IV sesuai dengan bidang tugas dan tanggung jawab masing-masing.

Dalam mendukung pelaksanaan tugas pimpinan universitas, terdapat berbagai unsur dan unit pendukung, di antaranya Senat UM Bima, BPM, BPH, Sekretariat, LPPM, LKUI, PKBH, PUSDATIN, BAAK, SPI, BAK, ULD, BSP, Satgas PPKS, LPBM, PPPB, Biro Kemahasiswaan, Biro PENMARU, Biro AKA, LAIK, dan BSDM. Setiap unit memiliki fungsi dan tanggung jawab masing-masing dalam mendukung penyelenggaraan administrasi, akademik, kemahasiswaan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, serta pengembangan kelembagaan.

Pada tingkat fakultas, Dekan menjadi pimpinan yang didukung oleh WADEK I, WADEK II, dan WADEK III dalam menjalankan tugas akademik, administrasi, kemahasiswaan, serta pengembangan fakultas. Fakultas juga didukung oleh Senat Fakultas sebagai unsur yang menjalankan fungsi sesuai dengan ketentuan dan tata kelola akademik yang berlaku.

Selanjutnya, Program Studi (PRODI) menjadi unsur pelaksana akademik yang menyelenggarakan pendidikan sesuai bidang keilmuan masing-masing. Dalam mendukung proses pembelajaran dan kegiatan akademik, Program Studi didukung oleh Unit PPL, Laboratorium, dan Perpustakaan sebagai bagian dari sarana dan unit pendukung kegiatan pendidikan.